腫瘤研究中常用的Illumina測(cè)序試劑盒有哪些?
更新時(shí)間:2025-11-19 點(diǎn)擊次數(shù):39
在腫瘤研究領(lǐng)域,Illumina 公司憑借其先進(jìn)技術(shù)與深厚研發(fā)實(shí)力,推出了一系列測(cè)序試劑盒,為腫瘤分子機(jī)制探索、精準(zhǔn)診斷及個(gè)性化治療方案制定提供關(guān)鍵技術(shù)支撐。以下為腫瘤研究中常用的 Illumina 測(cè)序試劑盒介紹:
TruSight Oncology 500:堪稱組織樣本多維度變異檢測(cè)的 “全能選手"。它靶向覆蓋 523 個(gè)腫瘤相關(guān)基因 ,能全面檢測(cè)單核苷酸變異(SNV)、插入缺失(Indel)、拷貝數(shù)變異(CNV)、基因融合這四大變異類型,還支持微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)與腫瘤突變負(fù)荷(TMB)計(jì)算。僅用這一個(gè)試劑盒,就可完成腫瘤分子分型所需的核心檢測(cè)內(nèi)容,極大提升實(shí)驗(yàn)效率。其靈敏度極為出色,采用 “超覆蓋度探針" 設(shè)計(jì),每堿基覆蓋 30 - 50 條探針,針對(duì) FFPE 組織樣本中低至 0.5% 等位基因頻率(VAF)的突變,檢出率穩(wěn)定高達(dá) 98%,假陽(yáng)性率<0.1%。同時(shí),該試劑盒對(duì)臨床 FFPE 樣本高度適配,配備 TruSeq FFPE DNA Repair Mix 修復(fù)模塊,可修復(fù)甲醛固定導(dǎo)致的 DNA 交聯(lián)與斷裂,修復(fù)效率達(dá) 80%,支持低至 40ng 的 DNA 用量以及 40 - 80ng 的 RNA 用量 ,即使面對(duì)降解嚴(yán)重(DNA 片段<100bp、RNA 完整性數(shù) RIN≥2.0)的 FFPE 樣本,仍能保持 85% 以上的檢測(cè)成功率 ,解決了臨床珍貴樣本檢測(cè)難題。
TruSight Oncology 500 ctDNA v2:是液體活檢低頻突變捕獲的 “精準(zhǔn)利器" 。針對(duì)循環(huán)腫瘤 DNA(ctDNA)含量低、干擾因素多的特性,它基于分子標(biāo)識(shí)符(UMI)技術(shù),對(duì)血漿中 0.2% VAF 的 SNV 檢出率≥95%,分析特異性≥99.995%(針對(duì)≥0.5% VAF 小變異) ,僅需 4mL 血漿即可提取 20ng 循環(huán)游離 DNA(cfDNA)完成檢測(cè) 。該試劑盒還具備強(qiáng)大的抗干擾能力,試劑體系添加血紅蛋白清除劑與游離 RNA 酶,可去除血漿中 90% 以上的血紅蛋白(避免抑制 PCR 反應(yīng))與游離 RNA(減少非特異性擴(kuò)增),在溶血樣本(血紅蛋白濃度>5g/L)中的檢測(cè)成功率仍達(dá) 90% 。從核酸純化到變異報(bào)告僅需 3 - 4 天,文庫(kù)制備可在 1 天內(nèi)完成,搭配 Illumina Dragen 二次分析流程,可自動(dòng)生成突變注釋、TMB 計(jì)算、MSI 評(píng)分等結(jié)果,大幅縮短科研周期 。
TruSeq DNA PCR - Free:在腫瘤全基因組研究中,以 “無(wú)偏擴(kuò)增、均勻覆蓋" 的參數(shù)優(yōu)勢(shì),成為全基因組腫瘤突變圖譜構(gòu)建的 “深度工具" 。它采用無(wú) PCR 擴(kuò)增的文庫(kù)構(gòu)建方式,避免高 GC 區(qū)域(如啟動(dòng)子、重復(fù)序列)的擴(kuò)增偏差,在 GC 含量 40% - 70% 的區(qū)域,測(cè)序覆蓋度 CV 值<8%,對(duì)人類基因組中 99.5% 的區(qū)域?qū)崿F(xiàn)有效覆蓋 。支持全基因組測(cè)序深度 30× - 100×,測(cè)序數(shù)據(jù) Q30 值穩(wěn)定>90%,單樣本數(shù)據(jù)量可達(dá) 90GB(30× 深度) ,可精準(zhǔn)檢測(cè)單核苷酸變異、插入缺失、拷貝數(shù)變異及結(jié)構(gòu)變異(如染色體易位、大片段缺失) 。該試劑盒支持新鮮冷凍組織、細(xì)胞系等高質(zhì)量 DNA 樣本,DNA 用量?jī)H需 1μg ,兼容 Illumina 全系列測(cè)序平臺(tái),在 NovaSeq X 系列平臺(tái)上,單次運(yùn)行可處理 32 - 96 個(gè)樣本,單位樣本測(cè)序成本較 NextSeq 550 平臺(tái)降低 60% ,適合大規(guī)模腫瘤隊(duì)列研究。
NextSeq 550Dx 測(cè)序試劑:作為 NextSeq 550 測(cè)序平臺(tái)的專用試劑,以 “高穩(wěn)定性、靈活通量" 參數(shù),成為中低通量腫瘤研究的 “高效搭檔" 。v2.5 版本試劑采用優(yōu)化的流動(dòng)池設(shè)計(jì),起始熒光強(qiáng)度提升 15%,運(yùn)行過程中信號(hào)衰減率<5%,300 - cycle 高輸出試劑盒的最大數(shù)據(jù)產(chǎn)出量達(dá) 120GB,Q30 值穩(wěn)定>90% 。提供高輸出與中輸出兩種試劑規(guī)格,高輸出試劑盒單次運(yùn)行可產(chǎn)生 400M 個(gè)簇,支持 8 - 36 個(gè)樣本的同時(shí)檢測(cè);中輸出試劑盒可產(chǎn)生 130M 個(gè)簇,適合 4 - 12 個(gè)樣本的快速檢測(cè),300 - cycle 運(yùn)行時(shí)間僅需 37 小時(shí),較傳統(tǒng)測(cè)序試劑縮短 20% ,滿足科研項(xiàng)目的快速周轉(zhuǎn)需求 。試劑配備 PhiX v3 測(cè)序?qū)φ眨蓪?shí)時(shí)監(jiān)控測(cè)序過程中的堿基識(shí)別 accuracy 與簇生成效率;采用射頻識(shí)別(RFID)編碼耗材,可追溯試劑生產(chǎn)批次、有效期等信息,符合《臨床基因檢測(cè)質(zhì)量管理規(guī)范》,為腫瘤臨床轉(zhuǎn)化研究提供合規(guī)性保障 。
這些 Illumina 測(cè)序試劑盒各有專長(zhǎng),從組織樣本到液體活檢,從部分基因檢測(cè)到全基因組分析,全面覆蓋腫瘤研究的多元需求,助力科研人員深度解析腫瘤基因組特征,推動(dòng)腫瘤研究邁向新高度。